En el Apertura 2009 "Tito" se proclama campeón de goleo del balompié mexicano con el Cruz Azul anotando 17 goles en 17 fechas, aún que en la pelea por el título en la liguilla no fue lo que la afición esperaba y solo pudo marcar 2 goles ( contra Monarcas Morelia en la vuelta de la semifinal, y contra el Monterrey en la ida de la final ). En el torneo Bicentenario 2010 anotó sólo 6 goles y no fue si no hasta la jornada 8 donde marcó su primero gol, ese torneo Cruz Azul no logro calificarse a la Liguilla. En el Apertura 2010, Villa anotaría solo 5 goles, pero su equipo, Cruz Azul terminaría perdiendo en cuartos de final contra Pumas de la UNAM por marcador global de 3-2.En el Clausura 2011 volvio a mostrar regularidad, marcando 10 goles pero su equipo perdio en semifinales contra el morelia 3-2 marcador global
 
En julio de 2011, Emmanuel Villa se ha convertido en el décimo mejor goleador del Cruz Azul de todos los tiempos, con mas de 51 goles para el equipo. Se percibe que el jugador tiene un salario de 10.2 millones de dolares anuales.