Trayectoria A los 17 años de edad fue fichado por el equipo Gimnasia y Esgrima La Plata para jugar en las divisiones juveniles. En tres meses ya había pasado a formar parte del primer equipo, estrenándose en la primera división Argentina en el segundo tiempo de un partido contra el Banfield. Permanecería en Gimnasia desde 2001 hasta 2005, siendo subcampeón de liga dos veces. A continuación firmaría por el Cádiz CF, equipo español de segunda división en el que permanecería dos temporadas. En diciembre de 2007, se confirmó su marcha por cuatro años y medio al Tigres de la UANL, su club actual. A la ciudad de Monterrey llegó a principios de enero del 2008. En su partido de debut, Lobos dejó entrever su buen fútbol dando un pase para gol a su compañero Gastón Fernández. Su primer gol con los Tigres en la victoria de 3-0 contra el América. Casi finalizando el Clausura de 2008, fue operado de una molestia en una de sus rodillas perdiéndose prácticamente la pretemporada felina para el Apertura 2008. Lobos no aparece hasta la segunda jornada del Apertura 08, en partido contra los Jaguares de Chiapas en el que juega 30 minutos y que su equipo gana 1-3.En el 2011 se le entrego el puesto de capitán por ser el jugador mas comprometido. Se le dio el premio del balon de oro como el mejor jugador del Clausura 2011 en el futbol mexicano, además de ser nominado como el mejor medio ofensivo. Se rumora que quizá se cambie de nacionalidad argentina a mexicana.