En el Mundial de Corea y Japón de 2002 fue donde se consolidó como líder, siendo el capitán mas joven dentro de la Selección de México con tan solo 23 años, disputó cuatro encuentros contra Croacia, Ecuador, Italia y Estados Unidos (en éste último partido la escuadra de Javier Aguirre fue eliminada por un marcador adverso de 2-0 y fue expulsado por un cabezazo accidental a Cobi Jones). Márquez participó en todos los partidos que la Selección nacional disputó en ese Mundial siendo en todos ellos el capitán del equipo. Cuatro años más tarde, Márquez de 27 años fue llamado por Ricardo La Volpe para integrar el grupo de 23 jugadores que integrarían la Selección nacional para la Mundial de Alemania de 2006. Disputó los cuatro encuentros contra Irán, Angola, Portugal y Argentina, anotó un gol a Argentina, siendo unos de los mejores jugadores del conjunto mexicano, repitiendo la capitanía de su seleccionado durante los cuatro encuentros que disputo en la copa . Tras 4 años Márquez de 31 años fue convocado en la lista de 23 jugadores para disputar el Mundial de Sudáfrica de 2010, donde anotó un gol en el partido inagural contra Sudáfrica. disputo los 4 encuentros del mundial, contra Sudafrica, Francia, Uruguay, y la Argentina siendo eliminado por este último con marcador 3-1 favor Argentina, Márquez fue capitán del conjunto mexicano, siendo el único jugador mexicano en capitanear a su seleccionado en 3 copas del mundo, también tiene el récord de mas partidos disputados dentro de una copa del mundo para un jugador mexicano con 12 partidos. Actualmente Márquez sigue prestando sus servicios al seleccionado de su país, siendo todavía el capitán del equipo, disputando todos lo partidos amistosos después de la copa del mundo