Ha jugado partidos internacionales con la Selección de fútbol de México en 73 ocasiones. Fue convocado por Ricardo Lavolpe de manera regular desde un partido amistoso contra Hungría el 14 de diciembre de 2005, donde debutó entrando al campo al minuto 69 por José Antonio Olvera. Su primer gol con el Tricolor lo hizo en un partido amistoso contra Venezuela, el 28 de febrero de 2007.
 
Guardado ha marcado un total de 12 goles con su selección.